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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
18/02/2011 |
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Data da última atualização: |
07/07/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; BÁRBARA HUFNAGEL, Universidade Federal de Viçosa; FLÁVIA THIEBAUT, Universidade Federal de Viçosa; EUNIZE MACIEL ZAMBOLIM, Universidade Federal de Viçosa; LAÉRCIO ZAMBOLIM, Universidade Federal de Viçosa; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 33, n.4, p. 795-806. 2010. |
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Páginas: |
795-806 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and plant defense responses to diseases. The 140 EST-contigs identified through the keyword NBS-LRR were classified according to function. This classification allowed association of the predicted products of EST-contigs with biological processes, including host defense and apoptosis, and with molecular functions such as nucleotide binding and signal transducer activity. Fisher?s exact test was used to examine the significance of differences in contig expression between libraries representing the responses to biotic stress challenges and other libraries from the BCGP. This analysis revealed seven contigs highly similar to catalase, chitinase, protein with a BURP domain and unknown proteins. The involvement of these coffee proteins in plant responses to disease is discussed. K MenosSequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and plant defense responses to diseases. The 140 EST-contigs identified through the keyword NBS-LRR were classified according to function. This classification allowed association of the predicted products of EST-contigs with biological processes, including host defense and apoptosis, and with molecular functions such as nucleotide binding and signal transducer activity. Fisher?s exact test was used to examine the significance of differences in contig expression between libraries representing the responses to biotic stress challenges and other libraries from the BCGP. This analysis revealed seven contigs highly similar to catalase, chitinase, protein with a BURP domain and unknown proteins. The involvement of these coffee proteins i... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Data mining; ESTs. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Coffea; Genomics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/29344/1/In-silico-identification.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
19/06/2013 |
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Data da última atualização: |
21/09/2017 |
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Autoria: |
MENDES, G. A.; ROCHA JÚNIOR, V. R.; RUAS, J. R. M.; SILVA, F. V.; CALDEIRA, L. A.; PEREIRA, M. E. G.; SOARES, F. D. dos S.; PIRES, D. A. de A. |
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Afiliação: |
GUSTAVO ALMEIDA MENDES, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; VICENTE RIBEIRO ROCHA JÚNIOR, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; JOSÉ REINALDO MENDES RUAS, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; FREDSON VIEIRA E SILVA, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; LUCIANA ALBUQUERQUE CALDEIRA, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; MARCOS EDUARDO GONÇALVES PEREIRA, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; FRANKLIN DELANO DOS SANTOS, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias; DANIEL ANANIAS DE ASSIS PIRES, Universidade Estadual de Montes Claros/Departamento de Ciências Agrárias. |
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Título: |
Características de carcaça e qualidade da carne de novilhas alimentadas com silagem de capim-marandu. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 12, p. 1774-1781, dez. 2012. |
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ISSN: |
0100-204X |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Carcass characteristics and meat quality of heifers fed marandu grass silage. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar as características de carcaça e da carne de novilhas ¾ Zebu x Holandês submetidas a dieta com substituição da silagem de sorgo por silagem de capim‑marandu. Utilizou-se o delineamento experimental inteiramente casualizado. Os tratamentos consistiram da substituição da fração volumosa da dieta de 100, 70 e 30% de silagem de sorgo por, respectivamente, 100, 70 e 30% de silagem de capim‑marandu. Foi adicionado concentrado na proporção de 1,2% de peso corporal, e as dietas foram isoproteicas. A substituição da silagem de sorgo pela silagem de capim‑marandu aumentou a perda de água por cozimento até o ponto máximo de 49,98% de substituição, elevou a força de cisalhamento e a capacidade de retenção de água da carne, mas não influenciou os pesos e os rendimentos das carcaças, os percentuais de cortes, as medidas de carcaça, a área de olho de lombo, o pH das carcaças, a espessura de gordura e as características de cor de músculo e gordura. A substituição da silagem de sorgo por silagem de capim‑marandu diminui o ganho de peso de corpo vazio e reduz a maciez da carne de novilhas ¾ Zebu x Holandês, mas não afeta as características quantitativas da carcaça. |
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Palavras-Chave: |
Bovino mestiço; Força de cisalhamento; Rendimento de carcaça. |
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Thesagro: |
Confinamento. |
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Thesaurus NAL: |
Feedlots. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/84606/1/Caracteristicas-de-carcaca.pdf
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Marc: |
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520 $aO objetivo deste trabalho foi avaliar as características de carcaça e da carne de novilhas ¾ Zebu x Holandês submetidas a dieta com substituição da silagem de sorgo por silagem de capim‑marandu. Utilizou-se o delineamento experimental inteiramente casualizado. Os tratamentos consistiram da substituição da fração volumosa da dieta de 100, 70 e 30% de silagem de sorgo por, respectivamente, 100, 70 e 30% de silagem de capim‑marandu. Foi adicionado concentrado na proporção de 1,2% de peso corporal, e as dietas foram isoproteicas. A substituição da silagem de sorgo pela silagem de capim‑marandu aumentou a perda de água por cozimento até o ponto máximo de 49,98% de substituição, elevou a força de cisalhamento e a capacidade de retenção de água da carne, mas não influenciou os pesos e os rendimentos das carcaças, os percentuais de cortes, as medidas de carcaça, a área de olho de lombo, o pH das carcaças, a espessura de gordura e as características de cor de músculo e gordura. A substituição da silagem de sorgo por silagem de capim‑marandu diminui o ganho de peso de corpo vazio e reduz a maciez da carne de novilhas ¾ Zebu x Holandês, mas não afeta as características quantitativas da carcaça.
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773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 47, n. 12, p. 1774-1781, dez. 2012.
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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